Евгений Маргулис родился 24 декабря 1955 года в Москве. Отец – инженер, мать – учительница русского языка и литературы. Забросил учёбу в мединституте ради карьеры музыканта. Имеет семью: жена Анна, сын Даня. Всё началось с прихода двадцатилетнего Евгения Маргулиса в 1975 году в группу "
Машина времени". В тот период группа переживала далеко не лучшие времена. Тогда Андрей Макаревич и Сергей Кавагое после ухода Алексея Романова и Александра Кутикова искали нового гитариста. Таким образом, "Машина" собирается в весьма оригинальном составе - трио: Андрей Макаревич - гитара, Евгений Маргулис - бас и Сергей Кавагое - ударные. Уже тогда Евгений Маргулис начинает реализовать свои творческие возможности не только как виртуозный бас-гитарист, но и как необычный блюзовый исполнитель. Композиция "Круг чистой воды", оригинально аранжированная Евгением Маргулисом, находит отклик у слушателей. "Машина времени" записывает двадцать четыре песни. Музыку к двум из них ("Блюз о безусловном вреде пьянства" и "Необычайно грустная песня или Телега") пишет Евгений Маргулис. Наравне со многими другими песнями, эти две совершенно шикарные блюзовые композиции становятся хитами группы (и Евгения Маргулиса), каковыми являются и по сей день.
В июне 1979 года, вслед за ушедшим Кавагое, Евгений Маргулис покидает "Машину времени". Вместе с Алексеем Романовым (гитара), Сергеем Кавагое (ударные) и Алексеем Макаревичем (гитара), он организует группу "Воскресение", ставшую ещё одной легендарной страницей в истории отечественного рока. Практически за месяц (дома, "на коленке") музыканты разучивают репертуар (десять песен) и отправляются на запись своего первого магнитоальбома в ту же самую учебную студию ГИТИСа, где ранее записывались "Високосное лето" и "Машина времени". Всего за период до 1980 года удалось записать двадцать одну песню. На этой записи, вспомнив фортепианную молодость, несколько партий синтезатора играет Кавагое. На первой части записи (1979 год) Евгений Маргулис исполняет две песни Алексея Романова: "Звёзды" ("Сколько было звёзд") и "В жизни, как в тёмной чаще". Музыканты уехали отдыхать в Пицунду, а вернулись оттуда знаменитыми. Песня "Кто виноват?" стала безусловным хитом сезона. В декабрьском списке популярных песен рубрики "Звуковая дорожка" газеты "Московский комсомолец" за 1979 год она была на пятой позиции, опережая "Поворот". Подготовительный период в этапе группы завершился. Тем не менее, в сентябре 1979 года Евгений Маргулис уходит из "Воскресения". В январе 1980 года Евгений Маргулис снова играет в составе группы на бас-гитаре. Вместе с Евгением Маргулисом в "Воскресении" появляется духовая секция - трубач Сергей Кузьменок (участник "Машины Времени" образца 78-го года) и саксофонист Павел Смеян, впоследствии - участник ленкомовского "Рок-Ателье", исполнитель знаменитых песен из кинофильма "Мэри Поппинс, до свидания": "Непогода", "Тридцать три коровы" и других.
А осенью 1980 года группы уже не стало. Алексей Макаревич и Сергей Кавагое "завязали" с музыкой. Евгений Маргулис, вернувшись с отдыха, ушел в "
Аракс". Таким образом, репертуар "Аракса" сразу пополнился несколькими песнями "Воскресения", одним из исполнителей которых стал Евгений Маргулис. После этого Евгений Маргулис играл в бэк-группе Юрия Антонова "Аэробус", а осенью 1983 года была сформирована группа "Наутилус" в составе: Евгений Маргулис (бас, гитара, вокал), Юрий Шахназаров (участник ленкомовского состава "Аракса", а затем музыкальный руководитель "Рецитала"; соло-гитара), Дмитрий Рыбаков (некоторое время работавший в техперсонале "Машины времени"; гитара, вокал), Кирилл Покровский (клавишные, саксофон) и Сергей Кавагое (барабаны). Группа дала несколько концертов, в феврале 1984 года записала получасовой магнитоальбом и попыталась устроиться на работу в какую-нибудь филармонию, но это было в самый разгар антироковой кампании Министерства культуры и, получив всюду решительное "нет", "Наутилус" в августе 1984 года распался. Евгений Маргулис ушел в "Феникс" (в котором тогда собрались осколки "Аракса"), а Кавагое снова пропал из виду, Покровский позднее всплыл в составе "Арии", а остальные рассеялись по группам второго эшелона.
Неутомимый Евгений Маргулис собрал новую группу, назвав ее "
Шанхай". В составе: Евгений Маргулис, Сергей Гусев, Дмитрий Покровский и Михаил Колташев они дебютировали 5 мая 1988 года. Группа много выступала, записала несколько своих песен, но продержалась на плаву только год. Летом 1989 года "Шанхай" распался и Евгений Маргулис на следующий год вернулся в "Машину времени" (в репертуар которой и поныне входит его "Шанхай-блюз"). В 1998 году Евгений Маргулис записывает альбом "7+1" (студия "Крем рекордс", переиздан в 2001 году), ставший в некотором смысле творческим переосмыслением всех его предыдущих семи проектов и продолжает оставаться в составе "Машины времени"; много гастролирует как по стране, так и за рубежом.
С начала 2004 года Евгений Маргулис выступает музыкальным консультантом проекта "We Will Rock You" – музыкального спектакля, основанного на наследии легендарной группы "Queen".
